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青藏高原东北地区位于我国东部季风区、西北干旱区和青藏高原高寒区的交汇地带,人为影响较少,是研究人为影响与生物种群组成的理想场所,然而目前尚缺乏大范围的分子生物学研究。2012年4-5月期间对青藏高原东北部10个湖水进行采样调查(表层、底层水各0.5 L混匀),应用16S rRNA和PCR-DGGE指纹分析研究细菌种类和组成。共鉴别出样本湖水中117个分类单元(Operational taxonomic unit,OTU)的细菌,分别隶属于12个纲,其中以α-变形菌纲(21种)和β-变形菌纲(27种)检出频次最多。细菌主要源于水生的微生物,同时各湖区细菌分类单元数量(平均32.1 ± 11.2)偏少,多样性指数(平均0.97 ± 0.29)和均匀度指数(平均0.19 ± 0.04)偏低,湖区之间相似性(平均0.31 ± 0.11)较差,种群生态结构脆弱。各湖区物种分类单元数量受环境因素影响明显,温度与种群分类单元数(R = 0.763, P < 0.05)、多样性指数(R = 0.708, P < 0.05)及均匀度指数(R = 0.641, P < 0.05)正相关,湖水面积与种群分类单元数量(R = 0.754, P < 0.05)及多样性系数(R = 0.668, P < 0.05)呈正相关,并且细菌种类组成受到湖水水化学(如矿化度等)因素影响。本研究表明春季青藏高原东北部10个湖区细菌种类组成较为简单,生态结构脆弱,受自然环境因素限制明显,结果可为青藏高原东北部地区水生生物研究积累基础资料,亦可为群落结构的限制性气候因素分析、区域的可持续利用和保护提供科学依据。